Madrasah Aliyah Negeri 3 Tapin ini pada awalnya bernama Madrasah
Aliyah Swasta Manbaul Ulum yang berada dibawah naungan Yayasan Manbaul
Ulum yang berdiri tanggal 26 Oktober 1993 di hadapan Notaris Nanang
Ferwandy Tjoegito, SH di Banjarmasin. Pada saat itu Madrasah Aliyah Manbaul
Ulum didirikan satu atap dengan Madrasah Tsanawiyah Swasta Manbaul Ulum
yang dipimpin oleh Bapak H. Usman Syahida (Alm) sebagai kepala madrasah
yang pertama.
Madrasah Manbaul Ulum ini terletak di desa Margasari Hilir Kecamatan
Candi Laras Utara Kabupaten Tapin, masyarakat disini lebih familiar menyebut
dengan nama Pasar Lama. Yayasan Manbaul Ulum pada saat itu memiliki
susunan Badan Pengurus yang terdiri dari:
Ketua Umum : H. Marali
Ketua I : H. Mahran
Ketua II : Muhammad Husni Djaperi
Ketua III : Rujaham
Sekretaris Umum : Salman HB
Sekretaris I : Alwi Zuhri
Sekretaris II : Rachma
Bendahara I : H. Lukman
Bendahara II : H. Ardi
Pembantu Umum : Darkani
Muhammad Hatta
Madrasah Aliyah ini selanjutnya berstatus TERDAFTAR berdasarkan
Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Kalimantan
Selatan dengan Nomor : W.o/PP.03.2/2473/1994.
Pada tahun 1997 akhirnya Madrasah Aliyah Swasta Manbaul Ulum ini
resmi dinegerikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia dengan surat
Keputusan Menteri Agama dengan Nomor 107 tahun 1997 tertanggal 17 Maret
1997 dengan nama Madrasah Aliyah Negeri 3 Rantau (MAN 3 Rantau).
Bersamaan dengan itu turut dinegerikan pula Madrasah Aliyah Swasta Datu Aling
di Binuang dengan nama Madrasah Aliyah Negeri 2 Rantau (MAN 2 Rantau).
Dengan demikian tercapailah keinginan Masyarakat margasari yang
mengidam-idamkan berdirinya lembaga pendidikan menengah atas berstatus
negeri dan bercirikan agama islam.
Akhirnya niat pendiri untuk menegerikan Madrasah Aliyah itupun
terealisasikan. Pada tanggal 17 Maret 1997 Madrasah Aliyah Margasari ini telah
resmi dinegerikan. Kemudian diganti nama Madrasah Aliyah Negeri 3 Rantau.
Madrasah Aliyah Negeri 3 Rantau diresmikan oleh Bupati Tapin, yaitu pada masa
kepemimpinan H. Knach Noor Ajie S.H.
Madrasah ini pun tumbuh dan berkembang dengan seiring berjalannya
waktu. Madrasah Aliyah Negeri 3 Rantau ini juga menjadi Madrasah lebih baik
dan lebih baik lagi sesuai motto nya, yaitu “Madrasah Lebih Baik, Lebih Baik
Madrasah”
Selanjutnya berdasarkan keputusan Menteri Agama Republik Indonesia
yakni KMA Nomor 671 tahun 2016 tanggal 17 November 2016, Tentang
Perubahan Nama-nama Madrasah Negeri di Provinsi Kalimantan Selatan, Maka
Madrasah Aliyah Negeri 3 Rantau kemudian berganti nama menjadi Madrasah
Aliyah Negeri 3 Tapin atau MAN 3 Tapin.